Если первое поколение SEAT Cordoba во многом поделилось с Volkswagen Polo 3, то второе поколение делает то же самое с четвертым изданием Polo, а также со Skoda Fabia, от которой оно получило несколько двигателей и шасси.
Эта новая Cordoba была доступна в нескольких конфигурациях двигателей, начиная с 1,2-литрового 12-клапанного и заканчивая 2,0-литровым. Версии универсал и купе больше не были включены во второе поколение Cordoba, седан был единственным доступным вариантом. Запущенный в 2003 году, экспорт SEAT Cordoba в Соединенное Королевство был остановлен в 2006 году.