En abril de 2016, Audi presentó la renovada línea A3 y, junto con el resto de la gama, el fabricante de automóviles alemán también actualizó el S3.
Desde el principio, fue uno de los mejores hatchbacks del mercado y proporcionó un sistema de tracción total. Con el tiempo, mientras la gama A3 evolucionaba, el S3 se actualizaba constantemente. La tercera generación del A3 se actualizó en 2016 y dos décadas después de la primera generación.

El S3 se ofreció en cuatro versiones de carrocería: hatchback de 3 o 5 puertas, cabriolet y sedán. Se introdujo una nueva fascia delantera, con una parrilla de un solo cuadro más alta entre los faros LED estándar. Había un par de tomas de aire para enfriar los frenos a los lados, y no eran solo para mostrar. El S3 mostraba el logo S desde las pinzas de freno hasta las llantas de aleación ligera de 18” con un diseño único. Un discreto alerón en el techo estaba encima del portón trasero (para las versiones hatchback), y cuatro, no tan discretos, escapes se mostraban debajo del parachoques.

En el interior, el S3 presentaba logotipos S en el volante de parte inferior plana, los umbrales de las puertas, los asientos y la palanca de cambios. Dos asientos de cubo en la parte delantera ofrecían un buen apoyo en las esquinas. Dependiendo de las opciones, el cuadro de instrumentos podría incluir la pantalla digital Audi Virtual Cockpit. La unidad de información y entretenimiento MMI (Multi Media Interface) se instaló de serie.

A pesar de no tener quejas sobre el motor de 300 hp que ofrecía su antecesor, el S3 2016 ofrecía 10 hp más. Se combinó de serie con una transmisión manual de 6 velocidades para el hatchback de 3 puertas. En mercados seleccionados, como el Reino Unido, la versión de 5 puertas y el sedán venían equipados con una caja de cambios S-Tronic automática de 7 velocidades (doble embrague).