Während die europäischen Regeln und Vorschriften es dem Zonda R untersagten, für den öffentlichen Straßenverkehr zugelassen zu werden, bestand ein Hongkonger Händler darauf, dass der Autohersteller eine Sonderserie nur für sie baute.
Pagani baute nur fünf (cinque – fünf auf Italienisch) Einheiten des speziellen Zonda Cinque. Er war leichter, leistungsstärker und schneller als der Zonda F. Der Autohersteller begann mit dem Zonda F und verwendete die meisten Renntechnologien von diesem, aber angepasst für den Straßeneinsatz.

An der Front wies der Zonda Cinque einen zusätzlichen Lippenspoiler unter der Schürze auf, der den Abtrieb erhöhte. An den vorderen Kotflügeln waren beide Autos mit Lüftungsschlitzen ausgestattet, um die im Radkasten eingeschlossene Luft abzusaugen, aber beim Cinque waren es vier Querlamellen aus Kohlefaser. Eine auf dem Dach montierte Lufteinlassschaufel erhöhte die Höhe des Autos und versorgte den großen Motor mit mehr Frischluft. Die gesamte Karosserie wurde aus einem speziellen Material namens Carbo-Titanium gebaut, das Titan in die Kohlefaserplatten eingearbeitet hat, um die Festigkeit zu erhöhen.

Im Inneren installierte der Autohersteller ein vom Rennsport inspiriertes Interieur mit Sitzrahmen, Verkleidungen und Türverkleidungen aus Kohlefaser. Da es sich noch um ein für den Straßenverkehr konzipiertes Fahrzeug handelte, installierte Pagani eine Klimaanlage und ein Soundsystem auf der Mittelkonsole. Das einzigartige, mit Alcantara bezogene Lenkrad hat der Autobauer nicht mit einem Airbag ausgestattet.

Pagani bot die fünf Einheiten des Cinque-Coupés mit einem neu abgestimmten 7,3-Liter-V-12-AMG-Motor an. Er pumpte 76 Ponys mehr als der normale Zonda F. Er war mit einem einzigartigen sequentiellen Sechsganggetriebe gekoppelt, das der Fahrer über die Schaltwippen hinter dem Lenkrad oder über den Schaltknüppel steuern konnte.