Si bien las normas y reglamentos europeos prohibían que el Zonda R se registrara para la vía pública, un distribuidor de Hong Kong insistió en que el fabricante de automóviles construyera una serie especial solo para ellos.
Pagani construyó solo cinco (cinque - cinco en italiano) unidades del especial Zonda Cinque. Era más liviano, más potente y más rápido que el Zonda F. El fabricante de automóviles comenzó con el Zonda F y usó la mayoría de las tecnologías de carreras de ese modelo, pero las adaptó para el uso en carretera.

En la parte delantera, el Zonda Cinque presentaba un spoiler de borde adicional debajo del faldón, lo que aumentaba la carga aerodinámica. En los guardabarros delanteros, ambos autos presentaban salidas de aire para extraer el aire atrapado dentro del hueco de la rueda, pero en el Cinque tenía cuatro listones transversales de fibra de carbono. Una toma de aire montada en el techo aumentó la altura del automóvil mientras alimentaba el gran motor con más aire fresco. Toda la carrocería se construyó con un material especial llamado carbo-titanio, que incorporó titanio dentro de los paneles de fibra de carbono para aumentar la resistencia.

En el interior, el fabricante de automóviles instaló un interior inspirado en las carreras con marcos de asientos, molduras y paneles de puertas de fibra de carbono. Como todavía era un vehículo diseñado para uso en carretera, Pagani instaló una unidad de aire acondicionado y un sistema de sonido en la consola central. El fabricante de automóviles no equipó el exclusivo volante cubierto de Alcantara con una bolsa de aire.

Pagani ofreció las cinco unidades del cupé Cinque con un motor AMG V-12 de 7.3 litros reajustado. Impulsaba 76 ponis más que el Zonda F normal. Estaba emparejado con una caja de cambios secuencial única de seis velocidades, que el conductor podía controlar a través de las paletas de cambios detrás del volante o con la palanca de cambios.