Alors que les règles et réglementations européennes interdisaient à la Zonda R d’être immatriculée sur la voie publique, un concessionnaire de Hong Kong a insisté pour que le constructeur automobile construise une série spéciale rien que pour eux.
Pagani n’a construit que cinq (cinque - cinq en italien) unités de la spéciale Zonda Cinque. Elle était plus légère, plus puissante et plus rapide que la Zonda F. Le constructeur automobile a commencé avec la Zonda F et a utilisé la plupart des technologies de course à partir de celle-ci, mais adaptées à une utilisation sur route.

À l’avant, la Zonda Cinque comportait un becquet supplémentaire sous le tablier, ce qui augmentait la force d’appui. Sur les ailes avant, les deux voitures comportaient des bouches d’aération pour extraire l’air emprisonné à l’intérieur du passage de roue, mais sur la Cinque, il y avait quatre lattes transversales en fibre de carbone. Une prise d’air montée sur le toit augmentait la hauteur de la voiture tout en alimentant le gros moteur avec plus d’air frais. L’ensemble de la carrosserie a été construit à partir d’un matériau spécial appelé carbo-titane, qui incorporait du titane à l’intérieur des panneaux en fibre de carbone pour une résistance accrue.

À l’intérieur, le constructeur automobile a installé un intérieur inspiré de la course avec des cadres de siège, des garnitures et des panneaux de porte en fibre de carbone. Comme il s’agissait encore d’un véhicule conçu pour un usage routier, Pagani a installé une unité de climatisation et un système de son sur la console centrale. Le constructeur automobile n’a pas équipé le volant unique recouvert d’Alcantara d’un airbag.

Pagani a proposé les cinq unités du coupé Cinque avec un moteur V-12 AMG de 7,3 litres réajusté. Elle produisait 76 poneys de plus que la Zonda F ordinaire. Elle était couplée à une boîte de vitesses séquentielle unique à six rapports, que le conducteur pouvait contrôler via les palettes de changement de vitesse derrière le volant ou par le levier de vitesse.