Si la primera generación del SEAT Córdoba compartía muchas piezas con el Volkswagen Polo 3, la segunda generación hace lo propio con la cuarta edición del Polo así como con el Skoda Fabia del que recibió múltiples motores y chasis.
Este nuevo Cordoba estaba disponible en múltiples configuraciones de motor, comenzando con un 1.2 litros de 12 válvulas y terminando con un 2.0 litros. Las versiones familiar y cupé ya no se incluyeron en esta segunda generación de Córdoba, siendo el sedán el único sabor disponible. Lanzado en 2003, la exportación del SEAT Córdoba en el Reino Unido se detuvo en 2006.

SEAT presentó la primera generación del Cordoba en 1993 y, seis años después, actualizó toda la gama, que constaba de un cupé de dos puertas, un sedán de cuatro puertas y una camioneta.
Por lo general, un fabricante de automóviles actualiza un vehículo después de cuatro años en el mercado. SEAT atravesaba momentos difíciles. Como estaba bajo el Grupo Volkswagen, tenía que cumplir con las instrucciones alemanas. Al final, esas decisiones resultaron valiosas.

El modelo de 1999 presentó un nuevo diseño, que condujo a bordes más suaves y algunas líneas curvas sobre la carrocería. Sus faros lucían una curva en la parte superior, mientras que su antecesor los presentaba rectangulares. En busca de su imagen de marca individual, el fabricante de automóviles introdujo una nueva insignia en la parte delantera, rodeada por un elemento de parachoques del color de la carrocería. La versión sedán presentó una interesante patada hacia arriba detrás de las puertas traseras y pequeñas ventanas laterales triangulares. La tapa del maletero alta y el voladizo trasero corto le dieron al automóvil una apariencia deportiva, a pesar de su tamaño y proporciones de segmento pequeño.

En el interior, el fabricante de automóviles introdujo un tablero completamente nuevo con una mejor integración para el sistema de ventilación y ventilaciones suaves en la parte superior de la consola central. Dentro del grupo de instrumentos, SEAT adoptó el estilo de Volkswagen para los diales, con los indicadores de temperatura y combustible instalados en el medio y en la parte superior del panel.

Debajo del capó, SEAT instaló una gama más estrecha de motores en comparación con su versión sin renovación. Eso sucedió después de que la gerencia notó que los clientes rara vez solicitaban motores de mayor potencia.

SEAT presentó el Cordoba en 1993 como una versión sedán de tres cajas del Ibiza, y ambos recibieron una actualización de ciclo de vida media en 1996.
La marca española empezó a incrementar sus ventas en el mercado europeo. Si bien el hatchback era la corriente principal en algunos países, otros clientes buscaban sedanes de segmento pequeño, como el Cordoba. Después de solo tres años, SEAT mejoró sus productos de acuerdo con los estándares de emisiones europeos Euro 2.

Giorgetto Giugiaro diseñó el Cordoba de 1993 basado en el modelo Ibiza. En la versión remodelada, el fabricante de automóviles confió en su estudio de diseño para alterar ligeramente el aspecto del automóvil, pero lo hizo de una buena manera. En la parte delantera, los diseñadores crearon una parrilla frontal sonriente con un listón central para la insignia cromada de la marca. Su parachoques envuelto en plástico recibió un par de luces antiniebla rectangulares en la parte inferior, flanqueando una rejilla de enfriamiento adicional en el faldón. El fabricante de automóviles mantuvo la tapa del maletero corta e inclinada hacia abajo en la parte trasera y, dependiendo de las opciones, la adornó con un ala. Las luces traseras rojas estaban unidas entre sí por una franja roja interrumpida únicamente por la insignia de SEAT.

En el interior, SEAT trató de atraer a nuevos clientes con características más estándar, como un sistema de aire acondicionado, dirección asistida y bolsa de aire para el conductor. Estos no estaban disponibles en el nivel de equipamiento básico para toda la línea. El fabricante de automóviles español instaló un volante de cuatro radios con airbag, mientras que el segundo airbag estaba en la lista de opciones.

SEAT transfirió todos los motores que pudo de su empresa matriz y ofreció una selección de seis motores de gasolina y cuatro diésel para el sedán de tamaño pequeño.