A SEAT apresentou a primeira geração do Cordoba em 1993 e, seis anos depois, renovou toda a gama, que consistia em um cupê de duas portas, um sedã de quatro portas e uma perua.
Normalmente, uma montadora atualiza um veículo após quatro anos no mercado. A SEAT estava a passar por momentos difíceis. Como estava sob o Grupo Volkswagen, teve que cumprir as instruções alemãs. No final, essas decisões provaram ser valiosas.

O modelo de 1999 apresentou um novo design, que levou a bordas mais suaves e algumas linhas curvas sobre a carroceria. Seus faróis ostentavam uma curva na parte superior, enquanto seu antecessor apresentava os retangulares. Em busca de sua imagem de marca individual, a montadora introduziu um novo emblema na frente, cercado por um elemento de pára-choques na cor da carroceria. A versão sedã apresentava um chute para cima interessante atrás das portas traseiras e pequenas janelas laterais triangulares. A tampa do porta-malas alta e a saliência traseira curta deram ao carro uma aparência esportiva, apesar do tamanho e das proporções do segmento pequeno.

No interior, a montadora apresentou um painel completamente novo com melhor integração para o sistema de ventilação e aberturas suaves no topo do console central. Dentro do painel de instrumentos, a SEAT adotou o estilo da Volkswagen para os mostradores, com os medidores de temperatura e combustível instalados no meio e na parte superior do painel.

Sob o capô, a SEAT instalou uma gama mais restrita de motores quando comparada com a sua versão sem facelift. Isso resultou depois que a gerência percebeu que os clientes raramente solicitavam motores de maior potência.