Audi A3’ün ikinci nesli 2003’te piyasaya sürüldü ve 2008’de makyajlandı.
Yaklaşan düzenlemeler, Alman premium otomobil üreticisini bazı değişiklikler yapmaya zorladı.

Audi, 1996’da ilk nesil A3’ü piyasaya sürdüğünde ciddi bir kumar oynadı. Küçük hatchback, Volkswagen Golf ile aynı platform üzerine inşa edildi ve bazı eleştirmenler bunun sadece daha pahalı bir Golf olduğunu söyledi. İkinci nesil bu algıyı değiştirmek için geldi ve sadece daha fazla stil değil, aynı zamanda ayrıcalıklı özellikler ve olanaklar da ekledi.

İkinci nesil, yeni motorlar ve geliştirilmiş bir tasarım aldı. Hala Golf ile aynı platforma dayanıyordu. 2008’de makyaj, premium kompakt otomobil için bazı değişiklikler getirdi. Üç gövde versiyonunda sunuldu: üç kapılı, beş kapılı ve açılır tavanlı bir cabrio. A8 tarafından tanıtılan ön “tek çerçeveli” ızgara daha fazla hayran kazandı ve A3’e de yerleştirildi. Yeniden tasarlanmış bir ön tampon da takıldı.

Kaputun altında 1,2 litreden 3,2 litre V6’ya kadar motorlar vardı. Bunlar arasında, RS3 versiyonu, A3’ün en performanslı versiyonu olan RS3 adlı 2.5 litrelik sıralı beşli bir üniteye sahipti. Motor ve donanım seviyesine bağlı olarak A3, manuel veya DSG (çift kavramalı) şanzımanlarla donatıldı.