BMW, 1999 yılında Alman üreticinin en yeni E46 platformunu temel alan yeni nesil 3 Serisi Coupe’yi piyasaya sürdü.
Coupe’nin dış tasarımı, daha uzun bir şasi, revize edilmiş ön ızgara, yeni spoyler (daha büyük hava girişlerine sahip) ve yeniden tasarlanmış farlara sahip önceki nesil modeline kıyasla önemli değişiklikler geçirdi.

Ayrıca 3 Serisi Coupe, sedan emsalinden daha sert bir süspansiyona sahipti ve premium coupe segmentinde Mercedes-Benz CLK ve Volvo C70’e meydan okudu. Bu 1999 3 Serisi Coupe’ye takılan yeni özelliklerden bazıları, Çekişli Otomatik Stabilite Kontrolü (ASC+T) ve Virajda Fren Kontrolü (CBC) içeriyordu. Bu model, 2003’te yeni kanatlar, ön tampon ve ön ve arka lambaları içeren hafif bir yeniden şekillendirme aldı.

Selefi E36 ile karşılaştırıldığında, E46 daha uzun bir şasi üzerine inşa edildi ve genel olarak araba daha uzun, daha geniş ve alçaktı, bu değişiklikler arabayı daha da kararlı ve daha güçlü hale getirdi.
Güvenlik donanımları arasında çift ön hava yastığı, yan hava yastıkları ve ön yolcular için perde hava yastıklarının yanı sıra ABS, ESC, çekiş kontrolü, viraj fren kontrolü ve elektronik fren gücü dağıtımı yer aldı.

E46 coupe, 1999-2000’de tamamı benzinli 5 motorla sunuldu. (2,2 litre, 2x2,5 litre, 2,8 litre ve 3,0 litre). Güç 125 kW ile 170 kW arasında değişiyordu ve motorlar ya 5 ileri manuel ya da 5 ileri otomatik şanzımanla eşleştirildi.